Après la chute de l'empire romain d'Occident une courte accalmie se présente. L'empereur Maurice en usant de sa diplomatie et en aidant Khosrô II à accéder au trône en 591, achète en quelque sorte la paix. La mort de Maurice, à qui le roi perse doit son trône, libère celui-ci de ses scrupules, et en 603, Khosrô II lance une grande offensive contre l'empire byzantin. Rapidement, son armée s'empare de l'est de l'Anatolie puis se dirige vers la Syrie. Ce sera l'exarque de Carthage qui agira pour sauver la situation. Il envoie son fils Héraclius à la tête d'une flotte en direction de Constantinople où il renverse Phocas en 610 avec l'assentiment du peuple. En 613, les Perses s'emparent de la Syrie et en 614 de Jérusalem. L'église du Saint-Sépulcre, bâtie par Constantin le Grand, est brûlée, et la Sainte Croix, miraculeusement déterrée par la mère de Constantin, est emportée par les Perses.
Pris en étau entre les Perses, qui s'emparent de toutes les provinces orientales de l'empire, et les Slaves qui se déversent en flots continus dans la péninsule balkanique, Héraclius réorganise tout d'abord les dernières provinces d'Asie mineure encore sous son contrôle. Il divise l'ouest anatolien en quatre thèmes dont l'administration militaire est confiée à un stratège. Depuis l'installation des Germains en Europe occidentale au Ve siècle, l'empire manque de mercenaires pour couvrir ses besoins militaires. On a longtemps pensé qu'Héraclius avait instauré alors le régime des stratiotes. À chaque paysan soldat est attribué une terre et une charge militaire, l'une et l'autre étant inaliénable et héréditaire. Ce système, combinant une division de l'empire en thèmes et une armée composée de stratiotes, sera la base sur laquelle reposera la puissance militaire de l'empire byzantin jusqu'au XIe siècle. Mais en fait ce système est sans doute plus tardif.
Ainsi, l'État byzantin se redresse spectaculairement avec, en outre, le soutien financier et spirituel de l'Église. Ainsi en 622, Héraclius met en déroute l'armée perse, puis en 623, il emmène son armée dans une campagne militaire de plusieurs années. Il reconquière l'Arménie et le Caucase, et en 625 son frère défait une puissante armée perse. Profitant de la campagne de l'armée byzantine en Asie mineure, les Perses, les Bulgares et les Avars s'allient pour assiéger Constantinople en 626. Mais le mur de Théodose résiste et la flotte byzantine montre sa supériorité, si bien que le siège est levé avant la fin de l'année. La dernière grande bataille a lieu en 627 à Ninive. L'armée perse est anéantie. En 628, les Perses, qui ont renversé Khosrô II, concluent un traité de paix par lequel ils restituent tous les anciens territoires byzantins. Enfin, Héraclius ramène la Sainte Croix à Jérusalem en 630. Notons que ce n'est pas une « guerre sainte », cette notion est étrangère à la pensée byzantine et le restera, même à l'époque des croisades.
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