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Génome

Chapitres

3. L'annotation des génomes

Représentation schématique de l'enchaînement exon-intron dans un gène du génome, ici représenté par un chromosome.

L'annotation d'un génome consiste à traiter l'information brute contenue dans la séquence dans le but :

De prédire, le contenu en gènes, la position des gènes à l'intérieur d'un génome (le début, la fin, et chez les eucaryotes, les introns et les exons), ainsi que leur organisation (gènes uniques ou en opéron, avec des séquences promotrices, des terminateurs, des sites de fixation ribosomiques (RBS), etc.). Dans ce cas, on parle d'annotation structurale.
De prédire la fonction potentielle de ces gènes (leur attacher une étiquette, portant leur nom probable, leur fonction probable, leurs interactions probables). Dans ce cas on parle d'annotation fonctionnelle.

Voir l'article : génétique humaine.

L'annotation peut être automatique c'est-à-dire s'appuyer uniquement sur des algorithmes recherchant des similarités (de séquence, de structure, de motifs, etc.) permettant de prédire (en fait deviner) la fonction d'un gène. Elle aboutit au transfert « automatique » de l'information figurant dans l'étiquette d'un gène « similaire » d'un génome déjà annoté au génome en cours d'annotation.
L'annotation automatique est parfois complétée par une annotation manuelle par des experts qui valident ou invalident la prédiction en fonction de leurs connaissances ou de résultats expérimentaux. Celle-ci peut ainsi éviter le transfert automatique d'erreurs et donc leur propagation, ce qui peut devenir le grand problème que devra confronter la génomique, compte tenu de l'afflux massif de données issues en particulier, des nouvelles techniques de séquençage (voir pyroséquençage).

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Catégorie : Génome

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Page imprimée jeudi 17 mai 2012 à partir de l'url :
« http://www.science-et-vie.net/definition-genome-144-pg3.html »

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